Laboratórios são espaços de experimentação. O Ítaca montou várias estruturas de apoio que possibilitam ao aluno usar diversos tipos de tecnologias na exploração do conhecimento, nas ciências naturais, humanas e na arte.

O Laboratório de Ciências atende ao Ensino Fundamental e ao Ensino Médio. Está equipado para que as crianças e jovens possam reproduzir e acompanhar fenômenos naturais nas áreas de química, biologia e física.

O Laboratório de Informática é usado por alunos de todas as séries, e oferece computadores em rede, com acesso à internet. Neste espaço também está disponível para atividades de qualquer disciplina um microscópio óptico: conectado aos monitores, é componente interessante das aulas de biologia, por exemplo. A exploração da internet também está disponível na Biblioteca.

O Ateliê é um espaço acolhedor, que funciona como um laboratório de expressões artísticas. Nele, os alunos trabalham sobre diversos tipos de materiais, inclusive a cerâmica, queimada no forno da escola.